Por volta de 1940 a Estrada de Ferro Araraquarense se desenvolvia rumo ao extremo oeste do estado de São Paulo, a caminho do Porto do Taboado. Isso contribuiu para que se estabelecesse alguma facilidade de escoamento dos produtos que poderiam ser cultivados na região, o que levou ao loteamento de extensas fazendas em pequenos sítios. Nesse processo atuaram grandes companhias colonizadoras, tais como a Companhia Agrícola Imobiliária de Colonização – CAIC e a Companhia Schimidt.

O engenheiro Euphly Jalles, um dos principais proprietários das terras da região, procedeu ao primeiro loteamento, onde fora fundado o município de Jales. Porém, como se tratava de uma área muito extensa, a venda dos sítios mais distantes de Jales era mais difícil. Assim, para dinamizar o povoamento da região Sudoeste da propriedade, Euphly Jalles deu início, em 1958, a um novo centro urbano que recebeu o nome de São Francisco, em homenagem ao seu pai, Francisco Jalles.

Com o patrimônio planejado na intenção de se transformar numa cidade, fez-se a divisão daquelas terras em lotes que mediam 16 x 40 metros. Fora dessa área, onde seria formado o perímetro urbano, foram loteadas áreas destinadas às pequenas propriedades rurais de até 2 alqueires.

Euphly Jalles escolheu propositalmente o dia 03 de maio para a fundação de São Francisco por ser o dia de Santa Cruz. Para a missa campal compareceram alguns moradores que já haviam adquirido seus lotes e construído suas casas, dentre eles; Antonio Galoni, Juvenal, Manoel Rocha da Silva e Aloísio Rocha da Silva. Nesse mesmo dia levantou-se o cruzeiro e lavrou-se a ata de fundação do patrimônio de São Francisco. José Pinheiro, administrador geral do patrimônio, além das funções de administrador do patrimônio, e vendedor dos lotes, também exercia a função de prático de farmácia e foi dele a primeira farmácia da localidade.

No ano de 1959 teve início à busca pela independência municipal. No dia 18 de fevereiro de 1959, através da Lei Estadual nº 5.285, São Francisco foi elevado à categoria de distrito do município de Jales. Após 5 anos, em 28 de fevereiro de 1964, a Lei nº 8.092 outorgou a independência político-administrativa do então distrito de São Francisco, elevando-o à categoria de município. Sua instalação verificou-se no dia 21 de março de 1965.